Si tratta di un polisaccaride acido che forma con il cofattore alfa-globulinico (antitrombina III) un complesso che inibisce la trombina; questo complesso è reversibile e può essere sciolto dalla protrombina. Inibisce inoltre l’attivatore del fattore X e di altri fattori della coagulazione, per cui allunga il tempo di protrombina e di coagulazione e il tempo parziale di tromboplastina.